Экологический контроль на предприятиях компании «ФосАгро» полностью соответствует российским стандартам, закрепленным в экологическом законодательстве РФ. В последние 4 года на всех предприятиях компании проводится масштабная модернизация оборудования, предусматривающая не только совершенствование технологических характеристик, но и значительное снижение влияния химического производства на окружающую среду.

Защита атмосферы
На всех предприятиях холдинга применяются технологические установки для очистки отходящих газов – абсорберы, циклоны, пылеулавливатели и т.д. Их стандартная степень очистки достигает 99 %.

Защита водной среды
В силу производственной специфики предприятия холдинга потребляют большое количество воды и имеют собственные водозаборы из поверхностных и подземных источников.
Практически на  всех предприятиях компании функционируют системы оборотного водоснабжения.
Водоотведение предприятий холдинга производится только после предварительной очистки сточных вод, которой подвергаются даже стоки ливневой канализации.

Твердые отходы
На сегодняшний день в компании в год вырабатывается примерно 24 млн. тонн твердых отходов, из которых 17 млн. тонн образуется на ОАО «Апатит» в процессе производства апатитового концентрата. По мнению экологов, никакой экологической опасности они не представляют.
На перерабатывающих предприятиях холдинга основным отходом производства является фосфогипс. В значительно меньших объемах - пиритный огарок, шлам от нейтрализации и кремнегель. Все твердые отходы утилизируются в соответствии с экологическими нормами, оговоренными соответствующим законодательством РФ.